如何找到氨基酸的切割位點

Ⅰ 求助 如何分析一段氨基酸序列上可能的蛋白酶酶切位點

糜蛋白酶： Phe Trp Tyr酸羧基抄端內襲切
胰蛋白酶：Arg Tyr酸羧基端內切
彈性蛋白酶：小R基氨基酸羧基端內切
氨肽酶：氨基端外切
羧肽酶：羧基端外切
常用的就是這些，還有一些，你可以自己找本生化書看看

Ⅱ 氨基酸識別位點是什麼

就是副密碼子。
這是很前沿的東西，大學里分子生物學課才會講到。

Ⅲ 限制酶切割位點形成幾個氨基酸，求解釋

4個，T缺失，TAC開始復制，T去掉，序列為TAC CCT TAG AGT TAC…，TAC是終止密碼子無氨基酸，所以就是四個氨基酸

Ⅳ 怎麼確定基因中的突變位點和氨基酸的改變

是一定的。生物是否進化就是看這個生物種群的基因頻率是否改變。基因發生了突變專但是性狀沒有發生改變，屬是因為3個鹼基確定1個氨基酸，而氨基酸只有20種，鹼基A、T、G、C，3個一組互相結合有64種其中有3種是終止密碼，其他的則是氨基酸。既是說鹼基對氨基酸是1對1的，但是氨基酸對鹼基是1對多的。如：一段基因是GCCTACGCAGTCACT其中第二個C突變成了G，但是它所決定的氨基酸種類是不變的，所以它的性狀沒有發生改變。

Ⅳ 如何判定剪接位點的突變導致的氨基酸改變

用同源建模的方法？這個方法只能推測蛋白空間結構的，
不一定準確的。可以這么說，
任何的氨基酸變化都可能引起蛋白的空間結構發生改變。

Ⅵ 如何查找一個基因的某一功能片段所在位點

如果該基因在基因CDS區域，主要還是考察該基因編碼的蛋白質生物活性，將CDS區域翻譯成對應的蛋白質，對照讀碼框，對應單核苷酸多態位點編碼的蛋白質，可以看到氨基酸的改變，這是基於一級結構的變化，而至於該氨基酸的變化會引起蛋白質生物活性怎樣的變化則要看該氨基酸所處的區域位置，如果氨基酸處於進化保守區，以及功能域附近或者就是用來結合輔酶的活性位點，那麼這種改變有可能導致蛋白質活性的喪失，而如果位於離功能域較遠的位點，則有可能影響很小或者不影響功能（但一定會影響蛋白質空間結構），往小了說只是改變了蛋白活性，但往大了說，如果該蛋白是某些基因的阻遏調控因子，那麼這種改變很有可能導致某些在已分化時期失去活力的基因重新表達，引發疾病的產生。而如果位於基因區的內含子區，則有可能造成真核基因剪接信號的改變，導致內含子以隱外顯子的方式出現在真核RNA身上，編碼出無活性的蛋白質，針對trna還有稀有密碼子等等一些修飾上的特殊情況。http://www.dnachem.com

Ⅶ 已知基因序列信息，如何查找氨基酸位點在哪個外顯子上

外顯子組的序列僅佔全基因組序列的1%左右，但大多數與疾病相關的變異位於外顯子區。

Ⅷ 如何查找並確定關注基因的SNP位點

單核苷酸多態性（single nucleotide polymorphism，SNP）主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。它是人類可遺傳變異中最常見的一種，占所有已知多態性的90%以上。SNP研究是人類基因組計劃走向應用的重要步驟，這主要是因為SNP將提供一個強有力的工具，用於高危群體的發現、疾病相關基因的鑒定、葯物的設計和測試以及生物學的基礎研究等。
經過近年檢測技術的發展，科研人員可以通過NGS或SNP晶元篩選與疾病關聯基因或區段，進而針對這個特定區段或基因上的SNP進行更為仔細研究，也有科研人員會通過已發表文章查詢到與其研究相關的基因，再通過對該基因的DNA序列變化分析遺傳機制，但如何查詢特定區段或基因上的有用SNP位點呢？是很多剛接觸科研的師弟師妹們的苦惱，在此分享一下個人經驗，供參考哈~
查詢關注基因的SNP信息，一般會通過NCBI資料庫進行，首先打開NCBI資料庫鏈接，在信息欄選擇gene選項，在搜索欄中輸入需要檢索的基因name或ID，假如我們查詢human的APC基因（不知道該基因的ID號），
輸入後點擊search，會出現如下界面：

結果中會包含不同物種的APC基因信息，我們選擇human的一項點開，即可獲得該基因的相關信息，如下圖。如果我們知道要查詢基因ID號，直接在搜索欄中輸入ID，例如human的APC基因，gene ID為324，點擊search，會直接出現一樣的搜索結果。

將以上頁面下拉，可查詢該基因的相關信息，其中有一項，如下圖顯示，可看出該基因有3個轉錄本（分別為NM_001127511.2、NM_001127510.2和NM_000038.5），如果需要對轉錄本層面進行SNP查詢，可在隨後操作進行區分。

繼續瀏覽頁面右側信息，可以發現SNP: GeneView選項，

點開，即可獲得該基因SNP的所有信息（見下圖）。其中紅色框中描述了該搜索結果顯示SNP的參考基因組版本以及如何搜索其他版本基因組信息介紹；粉色框中包含的即為上面所述的不同轉錄本信息，共有6條記錄，其中前3條記錄為後3條記錄的未更新鏈接，後3條記錄可以與我們剛才看到的3條轉錄本號一一對應；深綠色框中限定顯示SNP的條件，一般我們常選擇cSNP（編碼區的SNP位點）。至於為什麼選擇cSNP呢，文章最後有介紹哦~

如果您沒有特別關注的轉錄本，那可以選擇NM_001127511.2，這個轉錄本最長，對應的DNA序列最長，可以含有更多SNP信息，具體操作是點擊 NM_001127511.2最右側的View snp on GeneModel即可， 如下圖，想看哪條轉錄本信息，就點擊哪條即可。

這樣輸出的結果即為需要查看轉錄本的SNP信息（如下圖）。其中紅色底紋的是錯義突變，綠色底紋的為同義突變。如果想要看每一個SNP的具體信息，可以點擊rs號查看。每一個rs號都會有兩行記錄，其中Chr. Position是SNP位點所在染色體位置；mRNA pos是SNP位點所在mRNA序列上的位置；dbSNP rs# cluster id是SNP的ID號；Function是突變類型或SNP所在區域（是非編碼區還是編碼區，是同義突變還是錯義突變）；db SNP allele是鹼基變化情況，其中第一行是突變後的鹼基，第二行是參考鹼基；Protein resie是氨基酸變化情況，其中第一行是突變後的氨基酸，第二行是參考序列氨基酸；Codon pos是指突變的鹼基位於組成氨基酸的3個密碼子中的哪一個位置，Amino acid pos是突變的氨基酸位於該蛋白氨基酸序列的位置。

按照上面的辦法，挑選錯義突變的SNP位點即可，如果還是覺得位點比較多，可以根據MAF值進行篩選。
Ps：為什麼選擇錯義突變的cSNP研究呢？
cSNP是位於編碼區內的SNP，比較少。從對生物遺傳性狀的影響上來看，cSNP又可分為2種：一種是同義cSNP（synonymous cSNP），即SNP所致的編碼序列的改變並不影響其所翻譯蛋白質的氨基酸序列，突變鹼基與未突變鹼基的含義相同；另一種是非同義或錯義cSNP（non-synonymous cSNP或missense cSNP），指鹼基序列的改變可使以其為藍本翻譯的蛋白質序列發生改變，從而影響蛋白質功能，這種改變常是導致生物性狀改變的直接原因。因此錯義突變的cSNP位點在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義，也更受關注。

Ⅸ 怎樣根據已知氨基酸序列選擇蛋白酶。就像分析DNA序列一樣可以分析酶切位點，選擇相應的限制酶。謝謝。

很多蛋白酶的酶切位點是有一定特點的。例如胰蛋白酶水解賴氨酸和精氨酸的羧基形成的肽鍵，糜蛋白酶水解含有苯丙氨酸，絡氨酸，色氨酸等殘基的羧基形成的肽鍵，等等。據此，可以選擇相應的蛋白酶經行酶切。

Ⅹ 氨基酸序列轉為核苷酸序列，如何引入多種限制性酶切位點

A、限來制酶能識別特定的核苷酸源序列，並在特定的位點切割，A正確；
B、限制酶有多種，只有EcoR I的識別序列是GAATTC，B錯誤；
C、限制酶切割能產生黏性末端，但限制酶不能識別黏性末端，C錯誤；
D、限制酶能識別特定的核苷酸序列，並在特定的位點進行切割，因此不一定會切割質粒DNA的標記基因，D錯誤．
故選：A．