如何找到氨基酸的切割位点

Ⅰ 求助 如何分析一段氨基酸序列上可能的蛋白酶酶切位点

糜蛋白酶： Phe Trp Tyr酸羧基抄端内袭切
胰蛋白酶：Arg Tyr酸羧基端内切
弹性蛋白酶：小R基氨基酸羧基端内切
氨肽酶：氨基端外切
羧肽酶：羧基端外切
常用的就是这些，还有一些，你可以自己找本生化书看看

Ⅱ 氨基酸识别位点是什么

就是副密码子。
这是很前沿的东西，大学里分子生物学课才会讲到。

Ⅲ 限制酶切割位点形成几个氨基酸，求解释

4个，T缺失，TAC开始复制，T去掉，序列为TAC CCT TAG AGT TAC…，TAC是终止密码子无氨基酸，所以就是四个氨基酸

Ⅳ 怎么确定基因中的突变位点和氨基酸的改变

是一定的。生物是否进化就是看这个生物种群的基因频率是否改变。基因发生了突变专但是性状没有发生改变，属是因为3个碱基确定1个氨基酸，而氨基酸只有20种，碱基A、T、G、C，3个一组互相结合有64种其中有3种是终止密码，其他的则是氨基酸。既是说碱基对氨基酸是1对1的，但是氨基酸对碱基是1对多的。如：一段基因是GCCTACGCAGTCACT其中第二个C突变成了G，但是它所决定的氨基酸种类是不变的，所以它的性状没有发生改变。

Ⅳ 如何判定剪接位点的突变导致的氨基酸改变

用同源建模的方法？这个方法只能推测蛋白空间结构的，
不一定准确的。可以这么说，
任何的氨基酸变化都可能引起蛋白的空间结构发生改变。

Ⅵ 如何查找一个基因的某一功能片段所在位点

如果该基因在基因CDS区域，主要还是考察该基因编码的蛋白质生物活性，将CDS区域翻译成对应的蛋白质，对照读码框，对应单核苷酸多态位点编码的蛋白质，可以看到氨基酸的改变，这是基于一级结构的变化，而至于该氨基酸的变化会引起蛋白质生物活性怎样的变化则要看该氨基酸所处的区域位置，如果氨基酸处于进化保守区，以及功能域附近或者就是用来结合辅酶的活性位点，那么这种改变有可能导致蛋白质活性的丧失，而如果位于离功能域较远的位点，则有可能影响很小或者不影响功能（但一定会影响蛋白质空间结构），往小了说只是改变了蛋白活性，但往大了说，如果该蛋白是某些基因的阻遏调控因子，那么这种改变很有可能导致某些在已分化时期失去活力的基因重新表达，引发疾病的产生。而如果位于基因区的内含子区，则有可能造成真核基因剪接信号的改变，导致内含子以隐外显子的方式出现在真核RNA身上，编码出无活性的蛋白质，针对trna还有稀有密码子等等一些修饰上的特殊情况。http://www.dnachem.com

Ⅶ 已知基因序列信息，如何查找氨基酸位点在哪个外显子上

外显子组的序列仅占全基因组序列的1%左右，但大多数与疾病相关的变异位于外显子区。

Ⅷ 如何查找并确定关注基因的SNP位点

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90%以上。SNP研究是人类基因组计划走向应用的重要步骤，这主要是因为SNP将提供一个强有力的工具，用于高危群体的发现、疾病相关基因的鉴定、药物的设计和测试以及生物学的基础研究等。
经过近年检测技术的发展，科研人员可以通过NGS或SNP芯片筛选与疾病关联基因或区段，进而针对这个特定区段或基因上的SNP进行更为仔细研究，也有科研人员会通过已发表文章查询到与其研究相关的基因，再通过对该基因的DNA序列变化分析遗传机制，但如何查询特定区段或基因上的有用SNP位点呢？是很多刚接触科研的师弟师妹们的苦恼，在此分享一下个人经验，供参考哈~
查询关注基因的SNP信息，一般会通过NCBI数据库进行，首先打开NCBI数据库链接，在信息栏选择gene选项，在搜索栏中输入需要检索的基因name或ID，假如我们查询human的APC基因（不知道该基因的ID号），
输入后点击search，会出现如下界面：

结果中会包含不同物种的APC基因信息，我们选择human的一项点开，即可获得该基因的相关信息，如下图。如果我们知道要查询基因ID号，直接在搜索栏中输入ID，例如human的APC基因，gene ID为324，点击search，会直接出现一样的搜索结果。

将以上页面下拉，可查询该基因的相关信息，其中有一项，如下图显示，可看出该基因有3个转录本（分别为NM_001127511.2、NM_001127510.2和NM_000038.5），如果需要对转录本层面进行SNP查询，可在随后操作进行区分。

继续浏览页面右侧信息，可以发现SNP: GeneView选项，

点开，即可获得该基因SNP的所有信息（见下图）。其中红色框中描述了该搜索结果显示SNP的参考基因组版本以及如何搜索其他版本基因组信息介绍；粉色框中包含的即为上面所述的不同转录本信息，共有6条记录，其中前3条记录为后3条记录的未更新链接，后3条记录可以与我们刚才看到的3条转录本号一一对应；深绿色框中限定显示SNP的条件，一般我们常选择cSNP（编码区的SNP位点）。至于为什么选择cSNP呢，文章最后有介绍哦~

如果您没有特别关注的转录本，那可以选择NM_001127511.2，这个转录本最长，对应的DNA序列最长，可以含有更多SNP信息，具体操作是点击 NM_001127511.2最右侧的View snp on GeneModel即可， 如下图，想看哪条转录本信息，就点击哪条即可。

这样输出的结果即为需要查看转录本的SNP信息（如下图）。其中红色底纹的是错义突变，绿色底纹的为同义突变。如果想要看每一个SNP的具体信息，可以点击rs号查看。每一个rs号都会有两行记录，其中Chr. Position是SNP位点所在染色体位置；mRNA pos是SNP位点所在mRNA序列上的位置；dbSNP rs# cluster id是SNP的ID号；Function是突变类型或SNP所在区域（是非编码区还是编码区，是同义突变还是错义突变）；db SNP allele是碱基变化情况，其中第一行是突变后的碱基，第二行是参考碱基；Protein resie是氨基酸变化情况，其中第一行是突变后的氨基酸，第二行是参考序列氨基酸；Codon pos是指突变的碱基位于组成氨基酸的3个密码子中的哪一个位置，Amino acid pos是突变的氨基酸位于该蛋白氨基酸序列的位置。

按照上面的办法，挑选错义突变的SNP位点即可，如果还是觉得位点比较多，可以根据MAF值进行筛选。
Ps：为什么选择错义突变的cSNP研究呢？
cSNP是位于编码区内的SNP，比较少。从对生物遗传性状的影响上来看，cSNP又可分为2种：一种是同义cSNP（synonymous cSNP），即SNP所致的编码序列的改变并不影响其所翻译蛋白质的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的含义相同；另一种是非同义或错义cSNP（non-synonymous cSNP或missense cSNP），指碱基序列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变，从而影响蛋白质功能，这种改变常是导致生物性状改变的直接原因。因此错义突变的cSNP位点在遗传性疾病研究中却具有重要意义，也更受关注。

Ⅸ 怎样根据已知氨基酸序列选择蛋白酶。就像分析DNA序列一样可以分析酶切位点，选择相应的限制酶。谢谢。

很多蛋白酶的酶切位点是有一定特点的。例如胰蛋白酶水解赖氨酸和精氨酸的羧基形成的肽键，糜蛋白酶水解含有苯丙氨酸，络氨酸，色氨酸等残基的羧基形成的肽键，等等。据此，可以选择相应的蛋白酶经行酶切。

Ⅹ 氨基酸序列转为核苷酸序列，如何引入多种限制性酶切位点

A、限来制酶能识别特定的核苷酸源序列，并在特定的位点切割，A正确；
B、限制酶有多种，只有EcoR I的识别序列是GAATTC，B错误；
C、限制酶切割能产生黏性末端，但限制酶不能识别黏性末端，C错误；
D、限制酶能识别特定的核苷酸序列，并在特定的位点进行切割，因此不一定会切割质粒DNA的标记基因，D错误．
故选：A．